Back to the main page.
Bug 505 - p waarden > 1 met freqstatistics
| Status | CLOSED FIXED |
| Reported | 2011-02-24 15:51:00 +0100 |
| Modified | 2011-07-13 14:46:59 +0200 |
| Product: | FieldTrip |
| Component: | core |
| Version: | unspecified |
| Hardware: | PC |
| Operating System: | Mac OS |
| Importance: | P1 normal |
| Assigned to: | Saskia Haegens |
| URL: | |
| Tags: | |
| Depends on: | |
| Blocks: | |
| See also: |
Robert Oostenveld - 2011-02-24 15:51:23 +0100
On 23 Feb 2011, at 18:56, Esther Meeuwissen wrote: Hoi Robert, Vandaag ben ik om reviews te verwerken nieuwe statistiek aan het doen met dezelfde scripts op dezelfde data (ik denk dat ze goed zijn). Toen ik wat checks aan het doen was kreeg ik p-waarden groter dan 1. Omdat ft zou geen p-waarden groter dan 1 moeten geven denk ik dat er ergens een bugje zou kunnen zitten. Kunnen jullie er eens naar kijken? Ik heb deze code gebruikt: cfg=[]; cfg.method ='montecarlo'; cfg.statistic ='depsamplesT'; cfg.numrandomization = 500; cfg.alpha = 0.05; cfg.tail = 0; cfg.correcttail = 'prob'; cfg.correctm = 'cluster'; cfg.clusteraplha = 0.05; cfg.clusterstatistic = 'maxsum'; cfg.clustertail = 0; cfg.design(1,:) = [1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 ]; cfg.design(2,:) = [1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ]; cfg.ivar = 2; cfg.uvar = 1; cfg.latency = [0.5 3.5]; cfg.frequency = [60 120]; cfg.avgoverchan = 'no'; cfg.avgovertime = 'yes'; cfg.avgoverfreq = 'yes'; cfg.parameter = 'powspctrm'; cfg.grad = grad; [stat]= ft_freqstatistics(cfg, ga_cond1, ga_cond2); Ik kan de inputfiles op common temp zetten als dat nodig is. Bedankt, Esther
Saskia Haegens - 2011-02-24 16:12:03 +0100
ja dat komt doordat je ze corrigeert: cfg.correcttail = 'prob' dus je p waarden zijn met 2 vermenigvuldigd omdat je 2-zijdig toetst alternatief is je alpha door 2 delen, qua resultaat komt het op hetzelfde neer
Saskia Haegens - 2011-02-24 16:13:08 +0100
voor de volledigheid, dit is dus geen bug maar een feature ;)
Jan-Mathijs Schoffelen - 2011-02-25 10:32:27 +0100
Toch zijn p waarden > 1 een beetje vreemd. Saskia, zou jij hiernaar kunnen kijken? Dank.
Saskia Haegens - 2011-06-23 17:28:22 +0200
p-values now clipped at p=1 will write some further documentation on wiki on this