Back to the main page.
Bug 598 - the description on http://fieldtrip.fcdonders.nl/external needs and update
| Status | CLOSED FIXED |
| Reported | 2011-04-26 13:54:00 +0200 |
| Modified | 2011-07-13 14:46:58 +0200 |
| Product: | FieldTrip |
| Component: | documentation |
| Version: | unspecified |
| Hardware: | PC |
| Operating System: | Mac OS |
| Importance: | P1 normal |
| Assigned to: | Arjen Stolk |
| URL: | http://fieldtrip.fcdonders.nl/external |
| Tags: | |
| Depends on: | |
| Blocks: | |
| See also: |
Robert Oostenveld - 2011-04-26 13:54:34 +0200
Robert Oostenveld - 2011-05-04 13:29:55 +0200
also in combination with http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/what_other_matlab_and_non-matlab_toolboxes_do_i_need_for_fieldtrip and with http://fieldtrip.fcdonders.nl/requirements (to be created)
Robert Oostenveld - 2011-05-12 09:36:03 +0200
Ik heb het zoeven verplaatst naar http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/external http://fieldtrip.fcdonders.nl/faq/requirements Het kan nog wel verder verbeterd worden. Specifiek moet 1) de lijst van drop-in replacement functies compleet gemaakt worden, en moet 2) de dependencies van FT main functies op de matlab toolboxes in detail worden uitgezocht. Voor dat laatste kun je depfun gebruiken.
Arjen Stolk - 2011-05-20 08:31:33 +0200
Heb een lijst met main functions die direct afhankelijk zijn van functies uit een van de genoemde toolboxen, toegevoegd. Echter, dit geeft niet een representatief overzicht aangezien er niet echt statistiek functies in de lijst voor de stats toolbox naar voren komen. Wanneer ik kijk voor alle afhanklijkheden, dan blijken 138 unique functies (bijna alle) van alle 4 de toolboxen (indirect) afhankelijk te zijn. Ook niet echt specifieke informatie dus. Voorstel: Om naar directe afhankelijkheden te kijken van ook niet-main functies. Bijvoorbeeld van functies uit de statfun dir. CODE: % counters stats = 0; signal = 0; optim = 0; image = 0; % variables tbox_stats = []; tbox_signal = []; tbox_optim = []; tbox_image = []; mfiles = []; % files to be checked for dependencies files = dir('/home/action/arjsto/fieldtrip-dev/*.m'); for f = 1:length(files) % label *.m files in directory mfilename = files(f).name; fprintf('checking %s with depfun \n', mfilename); % create a list of directly dependent functions, called by mfilename tracelist = depfun(mfilename,'-quiet'); % ,'-toponly' for direct dependencies % save search to txt file fid = fopen(['/home/action/arjsto/depfun_ft_mainfunctions_toolboxes.txt'],'At'); for t = 1:length(tracelist) fprintf(fid,'%s\n',[mfilename ' depends on: ' tracelist{t}]); end fclose all; % check whether the dependent functions are in one of these toolboxes for s = 1:length(tracelist) if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/stats')) stats = stats +1; tbox_stats{stats,1} = mfilename; end if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/signal')) signal = signal +1; tbox_signal{signal,1} = mfilename; end if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/optim')) optim = optim +1; tbox_optim{optim,1} = mfilename; end if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/images')) || ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/matlab/imagesci'))% can be images/images or imagesci image = image +1; tbox_image{image,1} = mfilename; end end end
Arjen Stolk - 2011-06-29 15:06:26 +0200
checks zijn ook uitgevoerd voor de verschillende modules. Functies die afhankelijk zijn van de specifieke toolboxen, zijn aan de lijst toegevoegd. (In reply to comment #3) > Heb een lijst met main functions die direct afhankelijk zijn van functies uit > een van de genoemde toolboxen, toegevoegd. Echter, dit geeft niet een > representatief overzicht aangezien er niet echt statistiek functies in de lijst > voor de stats toolbox naar voren komen. > Wanneer ik kijk voor alle afhanklijkheden, dan blijken 138 unique functies > (bijna alle) van alle 4 de toolboxen (indirect) afhankelijk te zijn. Ook niet > echt specifieke informatie dus. > Voorstel: Om naar directe afhankelijkheden te kijken van ook niet-main > functies. Bijvoorbeeld van functies uit de statfun dir. > CODE: > % counters > stats = 0; > signal = 0; > optim = 0; > image = 0; > % variables > tbox_stats = []; > tbox_signal = []; > tbox_optim = []; > tbox_image = []; > mfiles = []; > % files to be checked for dependencies > files = dir('/home/action/arjsto/fieldtrip-dev/*.m'); > for f = 1:length(files) > % label *.m files in directory > mfilename = files(f).name; > fprintf('checking %s with depfun \n', mfilename); > % create a list of directly dependent functions, called by mfilename > tracelist = depfun(mfilename,'-quiet'); % ,'-toponly' for direct > dependencies > % save search to txt file > fid = > fopen(['/home/action/arjsto/depfun_ft_mainfunctions_toolboxes.txt'],'At'); > for t = 1:length(tracelist) > fprintf(fid,'%s\n',[mfilename ' depends on: ' tracelist{t}]); > end > fclose all; > % check whether the dependent functions are in one of these toolboxes > for s = 1:length(tracelist) > if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/stats')) > stats = stats +1; > tbox_stats{stats,1} = mfilename; > end > if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/signal')) > signal = signal +1; > tbox_signal{signal,1} = mfilename; > end > if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/optim')) > optim = optim +1; > tbox_optim{optim,1} = mfilename; > end > if ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/images')) || > ~isempty(strfind(char(tracelist(s,:)),'toolbox/matlab/imagesci'))% can be > images/images or imagesci > image = image +1; > tbox_image{image,1} = mfilename; > end > end > end