Back to the main page.
Bug 771 - ft_read_mri should behave consistent w.r.t. transformation matrix
| Status | CLOSED FIXED |
| Reported | 2011-06-20 19:12:00 +0200 |
| Modified | 2011-09-14 14:33:39 +0200 |
| Product: | FieldTrip |
| Component: | fileio |
| Version: | unspecified |
| Hardware: | PC |
| Operating System: | Mac OS |
| Importance: | P1 normal |
| Assigned to: | Arjen Stolk |
| URL: | |
| Tags: | |
| Depends on: | |
| Blocks: | |
| See also: |
Robert Oostenveld - 2011-06-20 19:12:07 +0200
On 20 Jun 2011, at 18:44, Esther Meeuwissen wrote: Hoi Robert en Jan Matthijs, Ben er net achter gekomen dat ft_read_mri zich op 2 manieren kan gedragen afhankelijk van of external/spm8 op het pad staat. Als je de MRI plot in volumerealign zien ze er verschillend uit en in het ene geval wordt er wel een transform veld toegevoed (met het pad toegevoed) in het andere geval niet. Misschien is het voor jullie handig om dit te weten. (ik heb mn eigen scripts aangepast zodat voor elke proefpersoon hetzelfde gebeurt.) Groeten Esther
Jan-Mathijs Schoffelen - 2011-06-20 20:00:20 +0200
@esther, zou je iets specifieker kunnen zijn over wat je precies doet, en wat dan de verschillende uitkomsten zijn?
Jan-Mathijs Schoffelen - 2011-06-20 20:07:39 +0200
ik bedoel specifiek: wat voor type mri file probeer je te lezen?
Robert Oostenveld - 2011-06-29 15:59:15 +0200
On 29 Jun 2011, at 8:22, Esther Meeuwissen wrote: Hoi Robert en Jan Matthijs, Ik ben erachter gekomen dat ik zelf wat heb fout gedaan bij het inlezen van de MRI's in MRIconverter. (met hulp van arjen had ik na 2 dagen prutsen door wat er fout ging...). Ik wilde de mri inlezen in MRIConverter en probeerde dat door de img file te openen. Dan kreeg ik een error in de trant van "can only read MR series". Daar heb ik uit afgeleid dat ik de ima files in moest lezen en dat werkte ook. Dan kreeg ik ook een .mri die ik weer kon inlezen in MRIViewer en fiedltrip maar alleen als ik external/spm8 op het pad had staan. Later in het proces om headmodels en grids te maken kreeg ik weer nieuwe errors. Uiteindelijk zijn we erachter gekomen dat ik niet alleen de img file moest aanklikken in MRIconverter maar ook de hdr file. Dan kreeg ik een .mri file die in FT zonder errors door de 'normale procedure' komt. Dus waarschijnlijk komt de error die ik toen heb gemaild doordat de MRI's niet goed ingelezen waren. (had jullie dit eigenlijk meteen even moeten mailen....). Geen bug in FT :-) Groeten Esther